De verkenningsfase bestaat uit verschillende stappen:

  1. Startfase: De minister van IenW neemt een officiële startbeslissing voor de verkenning. Ook publiceren we bij de start het participatieplan. Hierin lichten we toe hoe we belanghebbenden gaan betrekken.  
  2. Analysefase: In de analysefase bepalen we eerst welke oplossingen worden onderzocht (reikwijdte) en hoe dat onderzoek plaatsvindt (detailniveau). Dit heet de Notitie Reikwijdte en Detailniveau (NRD). Tijdens informatiebijeenkomsten kunnen betrokkenen uit de omgeving meedenken over de mogelijke oplossingen. Experts beoordelen deze oplossingen op hoofdlijnen. Uiteindelijk kiezen we de meest kansrijke oplossingen. Deze worden vastgelegd in de Notitie Kansrijke Oplossingen.   
  3. Beoordelingsfase: In de beoordelingsfase beoordelen we de mogelijke effecten op het milieu en de leefomgeving per kansrijke oplossing. Dit schrijven we op in een milieueffectenrapport (plan-MER). Voor dit grensoverschrijdende project maken we één rapport. Hetzelfde plan-MER is dus ook onderdeel van de procedure in Vlaanderen. 
  4. Besluitvormingsfase: Op basis van de informatie die we verzameld hebben, neemt de minister de definitieve Voorkeursbeslissing, in nauwe samenwerking met de Vlaamse overheid. Volgens de actuele planning wordt dus eind 2027 definitief beslist waar er aanpassingen aan het spoornetwerk gewenst zijn.